由于黎的态度逐步软化，原属于国民党的国会议员纷纷避难南下或者躲在六国饭店里观望风色，属于国民党在北京的报纸纷纷停刊，研究系议员则有80余人提出辞职以拆国会的台，国会不待解散已经形成瓦解。公府幕僚哈汉章、金永炎、黎澍也都提出辞职，黎一律予以批准。连不在佥壬名单之内的公府秘书长夏寿康、副秘书长饶汉祥也都通电自请处分。但是黎的软弱不仅没有挽回时局的危机，反而助长了督军团的嚣张气焰，认为“兵谏”是打击总统的有效武器。
大江南北，长城内外顿时一片大乱，黎元洪急得如坐针毡一般，他不断派人去催促李默涵早日进京。
其实李默涵也想早日进京，奈何党卫军眼下正在进行大规模的装备更换工作。士兵使用的步枪全部换成了7.62毫米口径的美式斯普林菲尔德步枪，马克沁机枪的口径也从7.92毫米换成了7.62毫米，原本使用的7.92毫米口径的枪支全部改由二线部队使用。这项工作通过逐级执行，效率还是挺高的，只是依旧耽误了不少功夫。
到了1917年6月中旬，李默涵终于率军北上了，军队一部分走铁路，一部分走陆路。李默涵同时发出通电，宣称自己带兵进京是全为调解府院之争的。
在天津的段祺瑞和南京的冯国璋看了通电是哭笑不得，李默涵你算哪根葱？乳臭味干的小子也配来调停黎元洪和段祺瑞、冯国璋这样民国宿老之间的矛盾？
紧接着又是一份通电，发电报的人是梁启超，他宣布自己和汤化龙等一帮进步党的成员决定和李默涵的国家党结成政治联盟，一同组建新内阁。
段祺瑞见到电报吃了一惊，因为之前梁启超明明和汤化龙一起带着一帮进步党研究系的议员来了天津的。段祺瑞赶紧命人去查，才发现这班人在几天前分批秘密地离开天津了。
话说李默涵带着人马进了京城，刚一走下火车，只见黎元洪所派欢迎代表丁槐、钮传善、方枢，以及北京军警长官江朝宗、陈光远、吴炳湘已在此恭候多时，李默涵与这些人一一寒喧致意后随即赶往总统府。黎元洪对李默涵颇有隆重欢迎之意，已下令打开轻易不启的中华门，总统府上下更是布置得张灯结彩。
李默涵一进总统府，就向黎元洪敬礼，“山东督军李默涵，见过大总统。”
黎元洪到很客气，笑着说道：“免礼免礼。我命人准备了酒席，专为默涵你接风洗尘。”
李默涵摇了摇头，说道：“酒席不急，我有些话要和大总统单独谈谈。”
黎元洪想了想，最后点了点头，说道：“好吧。”于是两人一前一后进了内厅。这次谈话的内容没有人知道，只是知道黎元洪和李默涵谈了很长时间，以至于准备好的酒菜反复热了几次。但是，从后来历史的走向与发展来看，李默涵和黎元洪达成了一个共识，即黎元洪甘心做一个垂拱而治的老好人总统，而李默涵虽然掌握实权，但是给予黎元洪所有应得的尊重和优待。
1917年7月1日，黎元洪正式任命李默涵为国务院总理，取代段祺瑞的职务。李默涵又会同梁启超等人共同组成新内阁，内阁成员绝大部分是国家党和进步党党员。
事到如今，段祺瑞已经骑虎难下，连声道：“打！打！打！只有打了，这可是黎元洪逼我这样做的！”可是，兵权已分散到各省督军手中，段祺瑞愁的是身边无可用之兵。他首先想到了就近找直隶省长朱家宝和天津警察厅长杨以德，请他们协助讨伐李默涵，并派段芝贵去活动。
段祺瑞满以为这二人会俯首听命，热切地盼着段芝贵带回佳音。段芝贵沮丧而回，报说朱家宝、杨以德推说力不从心不敢前来。原来，朱家宝和杨以德很看重实力和权力，他们认为段祺瑞已失势，同已经失势的人合作，是傻子也不肯干的事情。
“他娘的，这两个混账东西！”段祺瑞气得破口大骂，“咱先不理他们，我还有的是好办法！”
张国淦问：“芝泉有和良策？”
段祺瑞道：“我看我还是去南京一趟，找华甫共商讨伐李默涵大计，各位以为怎样？”
张国淦道：“我认为此计可行，总统已令副总统代行大总统职权，华甫也肯定有把握机会领导北洋。总理若去与他共商大计，一定能大奏其功。”
小扇子徐树铮却提出了反对意见，他说道：“我看不见得如此，请总理三思而后行。第一、讨伐李默涵兵贵于神速，如果时间一拖，参加李默涵一党的人会越来越多，局势很难控制，找副总统等于远水灭近火；二、副总统对李默涵的态度尚不知道，万一他附和李默涵或者黎元洪，总理去那里便是自投罗，就会成为他的政治俘虏；三、假如此行顺利，总理能说通副总统反对黎元洪和李默涵，则副总统有代行大总统职权一说，人们会把功劳记在他的账上，他完全可以居功而成为北洋派的惟一领袖。总之无论成败，对总理对我们都害厚益薄。”
段祺瑞想了想，点头道：“还是又铮说的透彻，也极有道理，看来去南京不行了。”
段祺瑞又忙问：“又铮有何高见?”
徐树铮道：“最好的办法是就近取材，从京津附近找军队，目标选定驻扎马厂的第8师长李长泰的部队和驻扎廊坊的第16混成旅长冯玉祥的部队。将这两支部队作为倒黎军的主力，同时与在保定的曹锟取得联系，有了这些力量，不愁倒黎不成。”
段祺瑞面露难色，“你们都知道，李长泰和冯玉祥这二人，都不属于咱们这一派。平日和我的关系很冷淡，只怕他们不肯合作。”
徐树铮道：“总理有句话可称名言，叫‘只要这个世界上还有人想当官发财，就不会没有人去打仗’，这话很有些哲理。据我所知，李长泰最怕他的太太，如果派人送钱给他的太太，让她说服李长泰，事情不难办成；对于冯玉祥这个人，他的旅长已被人顶替，只要让他官复原职，他也会俯首听命。至于曹三傻子那里，更是容易对付。”
段祺瑞便对傅良佐吩咐：“你就辛苦一趟，按又铮说的办，带上些钱与李长泰夫人接洽，去探一下李长泰的意思。”傅良佐应声而去，当天赶到马厂，将带来的钱交给李长泰夫人，又与李长泰相商。李长泰一来惧于夫人之劝，二来又看不惯黎元洪的做派，表示愿一切唯段祺瑞之命是从。
段祺瑞得到傅良佐回复，倒黎之心顿增。对于驻廊坊的第16混成旅冯玉祥的部队，段祺瑞也派人前去游说，下了一番苦功。此时，冯玉祥正受到排挤，旅长一职被人替代。段祺瑞许诺冯玉祥如参加倒黎，听从他的命令，就让冯玉祥官复原职。冯玉祥求之不得，也答应一切听从段祺瑞之命令。
曹锟所属的第三师，是北洋军中最精锐的部队之一。段祺瑞亲自打电话给曹锟，并许以未来副总统之位时，曹锟马上答应出兵讨伐黎元洪、李默涵。
段祺瑞大喜，与亲信人员商议用兵事宜。根据《辛丑条约》规定，天津附近20里不许驻军，这对于段祺瑞用兵不利。段祺瑞为了解决这个问题，避免引发外交事端，请日本驻华公使林权助向各国驻华公使游说，请各国同意中**队有行军及运输自由。林权助不仅游说成功，还借给军费100万元，并派青木中将协助段祺瑞策划军事。此外，段祺瑞还得到旧交通系的支持，在交通银行预借了200万元以作军饷。
马厂位于天津以南约60公里，京浦铁路通过这里。清光绪初年在此兴筑兵营，成了驻兵之地。
段祺瑞一行到达马厂时已是7月2日凌晨。第八师师长李长泰率该师中级以上军官在车站迎候，见段祺瑞走下专列，他们立正向段祺瑞行军礼。看到这些军官，段祺瑞很高兴，他谢绝了为他准备的车子，提议步行前往两公里以外的师部。
李长泰和夫人一道来看望段祺瑞。李夫人走后，有人通报陈文运来见，段祺瑞吩咐立刻会见。陈文运是段祺瑞的学生、老部下，时任陆军中将、北京第二讲武堂堂长。7月1日，李默涵出任国务院总理之后，他离开北京到了天津，一回到家，即被告之：“马上去马厂见段先生。”陈文运知道事情紧迫，随即动身，直奔马厂。
段祺瑞见到陈文运顾不上寒暄，马上向他布置任务：“你赶紧回天津去，找杨以德，叫他把立刻准备倒黎军进城，同时让朱家宝离开总督衙门，他如果照办，天津治安就由杨以德负责，我还给他直隶省长。如果不同意，我的兵随后就到，那只好武力解决了。不管你办得结果如何，赶快给我来电。”
随后，傅良佐和李长泰送陈文运动身时告诉他事态进展情况：“目前已和保定的曹锟联络好，共同反对黎元洪，李默涵只有十营警备部队，大约五千多人，我们采取迅雷不及掩耳的行动，一下子就能解决他，只要打垮李默涵，各省也就没人响应他了。”
陈文运返回天津后，很快就找到杨以德，将段祺瑞的话一一传达。杨以德是直隶警察厅厅长，听到有倒黎军队压境，认为没兵没权的黎元洪无用，乳臭味干的李默涵也靠不住，段祺瑞这边又有直隶省长的位子在召唤，因此毫不迟疑表示完全照办。段祺瑞的计划完全实现，朱家宝离开了督军公署，陈文运到督军公署门口挂上了“倒黎军总司令”的木牌。
陈文运用电话将好消息报告给段祺瑞：“学生在津恭候先生到来。”段祺瑞不费一枪一弹，只用一人，就把天津给转到倒黎军一边，他对自己下一步行动的信心就更足了。
3日，段祺瑞在马厂召开军事会议，正式组成了“倒黎军总司令部”：
倒黎军总司令：段祺瑞
西路倒黎军总司令：曹锟
东路倒黎军总司令：段芝贵
皖晋豫三省联军总司令：倪嗣冲
讨逆军总部参赞：徐树铮、李长泰
总参议：靳云鹏
参议：傅良佐、曲同丰
秘书长：张志谭
军需处长：曾毓隽
交涉处长：刘崇杰
交通处长：叶恭绰
军法处长：丁士源
段祺瑞在很短的时间内就完成了讨伐李默涵、黎元洪的政治策略、军事组织、军事战略准备等工作，显示了他的组织才干和在北洋军队中的声望。
就在段祺瑞的精心部署的同时，李默涵和黎元洪也在积极行动。针对段祺瑞的出招，李默涵和黎元洪一一做出对策。首先，黎元洪以民国唯一合法元首的身份发布了对李长泰的密电，密电中许诺李长泰哪怕只是严守中立，战时结束之后，也将晋升李长泰为陆军上将，泰威将军衔。其次是冯玉祥，黎元洪直接下达了委任状，把第十六混成旅升格为中央陆军第十六师，任命冯玉祥为第十六师中将师长；最后是曹锟方面，黎元洪在李默涵的授意下，也拿出副总统的位置诱惑曹锟。
但是，这三个人已经被段祺瑞下了先手，而且各方势力普遍不看好李默涵和黎元洪，所以这些政治努力都没有收到什么效果，大战不可避免了。